Princip matice sousednosti: řádky a sloupce odpovídají vrcholům, a v buňkách je jednička, pokud odpovídající vrcholy sousedí, a nula, pokud ne. Můžeme se domluvit na konvenci, že se nebudeme starat o označení vrcholů. Prostě je budeme číslovat od jedné.
Skóre obvykle pro přehlednost vzestupně seřadíme.
Princip matice incidence:
řádky - uzly (vrcholy)
sloupce - hrany
aij - 1 - uzel i je spojen s hranou j, 0 - uzel i není spojen s hranou j
aij - 1 - hrany vycházejí z uzlu, -1 - hrany vstupují do uzlu (orientovaný graf)